Le comte de Flandre attribue, à la collégiale Saint-Pierre de Lille, des terres de Mouscron en l’an 1066. L’abbaye Saint-Barthélemy de l’Eeckhout de Bruges, propriétaire de l’autel de Mouscron, à l’origine de la paroisse, le céda par échange à l’abbaye Saint-Martin de Tournai en 1149 avec une partie des dîmes qui appartenaient au chapitre cathédral de Tournai. Mouscron qui faisait partie de la châtellenie de Courtrai devint territoire français entre les traités d’Aix-la-Chapelle en 1668 et de Nimègue en 1678 puis revint aux Provinces Unies après le traité d’Utrecht de 1713. Mouscron était alors partagé par trois seigneuries : la seigneurie de Mouscron relevant de la cour féodale d’Harelbeke, la seigneurie du fief du Val dépendant de Warcoing, et la seigneurie de Saint-Pierre de Lille[14].
Château des Comtes, vestige de la demeure seigneuriale.
Les seigneurs d’Audenarde (1154-1243), branche cadette de la maison de Louvain, étaient en possession de la seigneurie de Mouscron qui s’étendait sur la presque totalité de la paroisse. Le 19 janvier 1332, Béatrice de Louvain vendit Mouscron à un bourgeois tournaisien, Bernard de la Barre, pour la somme de 1 400 livres parisis[15]. Le domaine passa par mariage aux Liedekerke en 1592. L’un d’eux, Ferdinand, baron de Hucle[16], acquit le privilège le 12 octobre 1627 de voir sa seigneurie instaurée en comté par le roi d’Espagne Philippe IV. Faute de descendance directe, Mouscron passa en 1645 aux mains des Basta[14]. Par l’intermédiaire du mariage d’Hippolyte d’Ennetières avec Alexandrine Françoise Basta le 1er janvier 1681, la seigneurie fut transférée aux Marquis d’Ennetières en 1682. Cette famille s’éteignit avec la mort de Frédéric d’Ennetières au château de Duras (province de Limbourg) le 23 juillet 1875[15]. À la suite de la confiscation de la ferme des Ramées transformée alors en demeure seigneuriale, la seigneurie de Mouscron, ensemble de terres et de fiefs au XIVe siècle, vit apparaître son château aux alentours de 1430, le château des Comtes. Petit à petit, ses propriétaires acquirent tous les fiefs situés sur la paroisse, dont, en 1481, celui du Val[14]. La fin du XVe siècle se singularisa par des guerres qui marquèrent Mouscron et toute la région, qui dut subir les attaques et les saccages de la garnison de Tournai. Ce sont les guerres de religion de la fin du XVIe siècle qui permirent aux Hurlus d’accaparer un court moment du château en 1579. La seconde moitié du XVIIe siècle, fut dramatique pour le village qui souffrit beaucoup des guerres de Louis XIV. Il s’y déroula le 29 avril 1794 une bataille entre Français du général Pichegru et Autrichiens du général Clerfayt. Le dernier évènement guerrier que vit Mouscron, nonobstant l’occupation allemande lors des deux guerres mondiales, reste l’échauffourée du Risquons-Tout en 1848.Charles Mozin, La Bataille de Mouscron (1794), château de Versailles.
Jusqu’au milieu de XVIIIe siècle, Mouscron restera un village agricole. L’industrie textile ne prendra son extension qu’en 1769, quand Lille interdira la fabrication du molleton, un tissu fabriqué à partir d’un mélange de lin et de laine, aux Roubaisiens et aux Tourquennois, qui prendront la route vers les Pays-Bas autrichiens. Il est à souligner que cette fabrication est autorisée à Mouscron depuis 1758[14].Un arrêté du comité de salut du 31 août 1795, réglemente le statut administratif de la Belgique. Mouscron fera partie du canton judiciaire de Bellegem et du département de la Lys[17].
